Здравствуйте.

Рекомендую попробовать Sypex Dumper: http://sypex.net/ Скорее всего, Вам будет достаточно функционала даже Lite версии. Скрипт работает с базами данных любого объема.
Подробная инструкция по работе с Sypex Dumper, а также другие способы импорта базы данных большого объема описаны у нас на блоге: http://blog.hostlife.net/archives/273

Успехов!

Нужно снять ограничение на загрузку файлов и увеличить время отработки скрипта.
Также не забывайте сжимать базу в формат gzip

Я несколько раз восстанавливала базу из бекапа именно таким способом.
Мой блог: http://olgakorica.ru/

Отредактируйте параметры пхп, post_max_size