Если распаковывали из панели, залогиненные под root, то владельцем всех распакованных файлов является root. Вероятно, у пользователя FTP меньше прав, поэтому править такие файлы он не может.

Соединитесь с сервером по SSH, зайдите в корневую папку вашего сайта при помощи команды cd. Например

cd /home/user/www/htdocs

Но используйте ваш путь.

Выполните

ls -l

В третьей и четвертой колонках посмотрите владельца и группу распакованных файлов. Если действительно это root, то нужно поменять на пользователя FTP.

Для этого поднимитесь на уровень выше по дереву папок:

cd ..

И сделайте

chown -R username:username htdocs

username нужно заменить на ваше имя пользователя, htdocs - на папку, в которой находится корень сайта.

хм - помоему проще из панели управления удалить и не париться))

есть возможность через web-shell скрипты просто поправить права и грохнуть файлы.
интересный пример http://old.joom.ru/component/option,com_...

Разные права на каталог и файлы.