httpd.conf - главный файл конфигурации Apache.
Вероятная причина - Вы задаёте параметр, но в к.л. include далее в файле конфигурации он переопределяется, т.е. другое значение параметра задано в другом файле.

Не совсем верно. В ubuntu/debian скажем используется /etc/apache2/apache2.conf.
Проверить, какой конфиг (основной) используется можно так:
httpd -V или apache2 -V (в зависимости от операционной системы)
В выводе команды будет графа SERVER_CONFIG_FILE=